フレックスタイム制の勤怠管理方法とは？ 注意点やシステム活用のメリットを解説

フレックスタイム制とは

フレックスタイム制は、企業があらかじめ定めた総労働時間の範囲内で、始業時刻と終業時刻を従業員自らが調整して決めることのできる制度のことです。（※1）
国内では1987年の労働基準法改正に伴い、1988年に施行が開始されました。柔軟な働き方による長時間労働の是正やワークライフバランスの充実、労働時間の効率化による企業の生産性向上などが制度変更に至った主な理由です。
2019年には、フレックスタイム制の所定労働時間を定める期間を意味する「清算期間」が1か月から最長3か月まで延長可能になったこともあり、今後さらに多くの企業が導入に踏み切るのではと予想されています。
厚生労働省の「令和6年就労条件総合調査」によると、フレックスタイム制を導入している企業は全体の7.2%で、特に従業員1,000人以上の企業での採用率が高く、小規模企業では導入割合が低い傾向があります。（※2）
（※1）（参照）「フレックスタイム制の適正な導入のために」
（※2）（出典）「令和6年就労条件総合調査」

裁量労働制・変形労働制との違い

フレックスタイム制と似たような制度として、裁量労働制と変形労働制があります。しかし、この3つの制度は似て非なるもので、注意が必要です。

※総労働時間（＝一定期間内の労働時間）における日々の労働時間の調整
まず、フレックスタイム制は、労働者が始業・終業時刻を選択でき、働いた時間数は全て労働時間としてカウントされます。一方で裁量労働制は、制度の種類によって以下のように始業・終業時刻の決定方法が異なる場合が多いです。

どちらにしても裁量労働はフレックスと違い、何時間働いても、あらかじめ決められた所定労働時間数を勤務したとみなす、というのが大きな特徴です。
また総労働時間の調整においては、フレックスタイム制が総労働時間を清算期間内で調整できることに対し、裁量労働制は実労働時間に関係ないことが特徴です。つまり、労働時間の決め方と時間管理の決め方が大きく異なるのです。
次に、フレックスタイム制と変形労働制の違いを解説します。
最大の違いは、「誰に労働時間の決定権があるか」という点です。所定労働時間は企業が決めるものの、始業・終業時刻については従業員が自由に設定できるフレックスタイム制に対し、変形労働制は企業が業務の都合に合わせて始業・終業時刻を設定できることが決定的に違います。
3つの労働時間制の違いを踏まえ、自社の業務内容に一番適した制度を取り入れるようにしましょう。
※実際の労働時間にかかわらず、一定の時間働いたものとみなす制度のこと

フレックスタイム制とスーパーフレックスタイム制の違い

フレックスタイム制とスーパーフレックスタイム制の違いは、必ず勤務しなければならない時間帯を指す「コアタイム」が設定されているかどうかにあります。
フレックスタイム制の場合、あらかじめ労使協定で労働できる時間を定めた後、たとえば10時から17時は必ず勤務する「コアタイム」、7時から10時および17時から19時は出勤・退勤が自由な「フレキシブルタイム」というように設定するのが通常です。
一方、スーパーフレックスタイム制では「コアタイム」を設定せずに働く時間は完全自由、出勤・退勤の時間は24時間OKというように、自由度が高いことが特徴です。導入を検討する際は、企業文化や業務内容に応じて適切な制度を選ぶようにしましょう。

フレックスタイム制はどんな職種に向いている？

フレックスタイム制は、個人の裁量が大きく、時間帯を問わず作業できたり成果ベースで評価されたりする職種に向いている制度です。
具体的にはシステム開発などを行うIT・エンジニア系、Webデザイナーや映像編集者などのクリエイティブ系、研究・開発職、経営コンサルタント、法人営業職などが挙げられます。
一方、患者や利用者に合わせる必要がある医療・介護職、シフト制が基本の製造業、店舗スタッフなど決まった時間帯で対面での対応が求められる職種には、フレックスタイム制は不向きな制度といえるでしょう。

フレックスタイム制のメリット

フレックスタイム制の導入には企業と従業員の双方にメリットが生まれます。
どちらか一方だけが得をし、もう一方が損をするというわけではないので、職種によっては利便性のある制度ともいえるでしょう。
では、具体的にどのようなメリットが得られるのでしょうか。企業側と従業員側、それぞれの視点で見ていきましょう。

企業側のメリット

残業時間が減らせる

フレックスタイム制では、清算期間内で従業員の1日の労働時間を調整できるため、残業時間を削減できることが大きなメリットです。
9時から17時など一般的な固定労働時間制の場合、繁忙期に残業が多く発生する一方、閑散期に労働時間が短くなることはありません。
しかし、フレックスタイム制では繁忙期に長く働き、閑散期には早く退社するというように柔軟な働き方が可能になります。
残業時間を減らせることはもちろんですが、従業員の過重労働を防げるなど、労働時間の適正管理がしやすいことが企業側のメリットのひとつです。

優秀な人材の確保や定着率が高くなる

フレックスタイム制は従業員に柔軟な働き方を提供できるため、企業にとっては採用時のアピールポイントになります。
働き方が多様化する中、優秀な人材の確保と定着率を強化することは、企業にとって対策が急がれる課題です。
また、求職者の視点からも、働き続けるために育児や介護との両立などワークライフバランスを重視する傾向は、今後も続くと予想されます。
フレックスタイム制の導入で人材の採用を強化するとともに、多様な人材の活躍を促進している企業としてアピールしていくとよいでしょう。

従業員側のメリット

通勤のストレスが緩和できる

従業員にとってフレックスタイム制は出社時間を自由に決めることができるため、朝の混雑を避けた出勤が可能になるなど、通勤のストレスを軽減できる制度です。
自由度の高い働き方は、労働時間を自己管理することでより効率的な仕事の進め方を考えることができ、仕事へのモチベーションを高めてくれます。
フレックスタイム制と在宅勤務を組み合わせれば、さらに快適に働くことができるでしょう。

ライフスタイルに合わせた働き方ができる

従業員がそれぞれのライフスタイルに合わせた働き方ができるのも、フレックスタイム制のメリットのひとつです。
仕事の前後にジムや習い事などスキルアップの時間を確保しやすいほか、子どもの送迎や家族の介護に必要な時間も取りやすくなります。
その他、体調や生活リズムに合わせた働き方ができるなど、従業員がそれぞれ自分の集中しやすい時間帯に業務が進められるのも魅力です。

フレックスタイム制のデメリット

企業と従業員双方にとって多くのメリットがあるフレックスタイム制ですが、デメリットがないわけではありません。
フレックスタイム制導入にあたっては、企業にも従業員にもマイナス要因や課題があるため、次のポイントをきちんと確認しておきましょう。

企業側のデメリット

勤怠管理が複雑になる

フレックスタイム制を導入すると、従業員それぞれの出勤・退勤時間が異なるため、正確な労働時間の記録・管理が複雑になることがデメリットといえます。特に従業員が多ければ多いほど、勤怠管理が難しくなってくることは避けられません。
また、労働時間の管理を個々の従業員にまかせているため、知らないうちに法令違反を犯してしまうリスクが企業側にはあります。
従業員の総労働時間および残業時間の適切な管理方法の構築が、企業側に求められる課題のひとつです。

取引先や顧客対応に難が生じることがある

フレックスタイム制を導入した場合、クライアント対応や管理が難しくなるケースが考えられます。
なぜなら、自社の従業員はフレックスタイム制で働いていても、クライアントは固定労働時間制など勤務体系が異なるケースも多いからです。また、緊急時に担当者が不在だと、クライアント対応が遅れ信頼を損なうリスクもあります。
もちろん、フレックスタイム制だからこそクライアントに対応しやすくなる場面もないわけではありません。
制度の導入にあたっては、自社の業務内容だけでなくクライアント対応も想定し、担当者は慎重に検討していきましょう。

チームで行う業務が滞ることがある

従業員が出勤・退勤時間を決めるフレックスタイム制は、チームで行う業務が滞る可能性があります。
なぜなら、仕事の進め方が個人単位になるだけでなく、従業員同士がコミュニケーションを取る機会が少なくなりがちだからです。
相談したくても相手が出社していなければ、従業員のモチベーション低下だけでなく、従業員同士の関係がギクシャクしてしまうかもしれません。
社内チャットツールなどを活用し、定期的なミーティングを行って従業員のコミュニケーションの場を設ける対策が企業には必要です。

従業員側のデメリット

従業員同士のコミュニケーションが取りにくくなる

従業員の出勤時間がそれぞれ異なった場合、雑談や相談の機会が減ってしまい、従業員同士のコミュニケーションが取りにくくなる可能性があります。
フレックスタイム制の導入で仕事の進め方が個人単位になったとしても、やはり同僚や上長、部下とのコミュニケーションは必要です。
また、開発・研究などチームワークの低下が業績低迷につながる職種もあります。その他、仕事に対する評価で誤解を生じないよう、以下のような取り組みにより日頃からコミュニケーションに関する意識を高めておくことが必要です。

労働時間やスケジュールの自己管理が求められる

フレックスタイム制で働く従業員は、労働時間やスケジュールの自己管理が求められます。
なぜなら、フレックスタイム制は従業員が働く時間を柔軟に決められる一方、メリハリのない働き方になってしまい、結果的に長時間労働になってしまう可能性があるからです。
また、フレックスタイム制は仕事とプライベートの境界線が曖昧になりやすい働き方ともいえます。
オーバーワークや仕事効率の低下を避けるために、従業員自身が責任を持って時間とタスクのコントロールを行うようにしましょう。

フレックスタイム制の導入手順

フレックスタイム制を導入することで、企業は生産性向上やワークライフバランスの改善が期待できます。
しかし、フレックスタイム制の適切な運用には慎重な準備と明確なルール設定が不可欠です。その手順について見ていきましょう。
※（参照）「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」

制度を設計する

フレックスタイム制を導入するに当たって最初に行うことは、制度をどのように運用していくかを設計することです。
まずは、フレックスタイム制導入の目的を明確化しましょう。具体的な目的の例は、以下の通りです。

企業規模や事業内容を踏まえ、フレックスタイム制を導入する目的を整理しましょう。
次に、必ず勤務する時間帯「コアタイム」と、出退勤時間を自由に設定できる「フレキシブルタイム」の設定、労働時間管理のルール作成です。
コアタイムの有無をはじめ、労働時間の集計方法や繰り越し可能な時間の上限設定など、運用ルールを明文化してください。
最後に、フレックスタイム制を適用する対象の範囲設定です。全社導入か、一部の部署や職種に限定するかを慎重に検討しましょう。

就業規則を改定し労働基準監督署に提出する

フレックスタイム制を導入するには、労働基準法に基づいて就業規則を変更し、労働基準監督署に届け出る必要があります。
また、就業規則の変更内容は労使協定での締結が必要です。その主な内容は以下の通りです。

その他、遅刻・早退の扱いや休日出勤のルールなど、細部を詰めておくことが労使トラブルの防止につながります。
労使協定締結後は労働基準監督署に提出しましょう。ただし、清算期間が1か月を超えない場合については、労使協定の提出は不要です。

従業員へ周知する

フレックスタイム制を導入する前に、社内説明会の開催やQ&Aの作成など従業員への周知を徹底し、試験的に運用してみることが重要です。
ひとくちに自由な働き方といっても、従業員それぞれが抱いているイメージは異なります。また「残業代が出ないのでは？」といった誤解を払しょくしておかなければなりません。
従業員から出された疑問に丁寧に答え、トライアル運用の結果を反映したルールづくりに努めましょう。

労働時間管理のシステムを整備する

フレックスタイム制の導入で予想される複雑化した勤怠管理を確実に行うためには、自社が現在運用している労働時間管理のシステムを整備することが欠かせません。
タイムカードやExcelを用いた勤怠管理では難しいと判断した場合、フレックスタイム制に対応可能な勤怠管理システムの導入を検討してみるのも方法のひとつです。
併せて、フレックスタイム制に適応した時間外労働の算出方法を構築する必要があります。

社内環境の整備を行う

フレックスタイム制に対応した社内環境の整備も大切です。
日々の業務が滞らないよう、チーム間の業務プロセスの見直し、効率的に会議を行うために会議時間のコアタイムへの集約、特定のチームおよび個人に負担がかからないように配慮するなど整備内容は多岐にわたります。
フレックスタイム制は、導入すればそれで終わりというものではなく、導入後が本番です。
相談窓口の設置をはじめ、導入後も定期的な見直しと改善に努めることがフレックスタイム制を効果的に運用するポイントといえるでしょう。

フレックスタイム制の導入における勤怠管理の注意点

フレックスタイム制の勤怠管理で最も重要なのは、全従業員の勤務状況や出勤・退勤時間を正確に把握することです。
特に、清算期間内の労働時間が法定労働時間を超過しないよう注意しましょう。フレックスタイム制においても、清算期間の総労働時間が法定基準を超えた場合、企業は従業員に残業代を支払う義務があります。
ただし、フレックスタイム制の場合は時間外労働の範囲が清算期間内の総労働時間が基準となるため、通常の時間外労働の範囲である1日8時間を超えても総労働時間を超えていない場合は残業とはみなされません。
フレックスタイム制で残業とみなされるのは、「清算期間内の総労働時間が法定労働時間（週40時間換算）を超えた」場合と、「清算期間が1か月を超えて週平均労働時間が50時間以上」の場合です。
しかし、タイムカードやExcelを用いた勤怠管理方法では、フレックスタイム制で働く従業員の残業時間を正確に把握するのはかなり難しいといえます。そのため、フレックスタイム制で働く全従業員の勤務状況をデータ収集して「見える化」を行い、効率的にマネジメントできる体制が欠かせません。
フレックスタイム制に対応した勤怠管理システムの導入は、複雑な勤怠管理に伴う手間やミスを軽減できるおすすめの方法といえるでしょう。
※（参照）「フレックスタイム制の基本的なルール」

フレックスタイム制には勤怠管理システムがおすすめな3つの理由

フレックスタイム制によって複雑化する勤怠管理の問題を解決するには、勤怠管理システムの導入がおすすめです。
その理由は、次の項から紹介する、勤怠管理システムの3つのメリットに集約することができます。
フレックスタイム制における勤怠管理の効率化を目指す場合は、ぜひ参考にしてください。

多様な勤務体系に対応できる

勤怠管理システムはフレックスタイム制だけでなく、ほかの異なる勤務体系にも柔軟に対応できるのが特徴のひとつです。
従業員ごとに勤務体系が異なる場合、手作業による集計では労働時間の管理が複雑になります。
勤怠管理システムを活用すれば、従業員ごとに働き方が設定できるため、この課題の解決に有効です。
フレックスタイム制のコアタイムとフレキシブルタイムの明確な設定、シフト制への対応など多様な勤務体系による日々のデータを一元化することで、効率的に管理できます。

労働時間の記録と集計をミスなく正確に行える

ICカードやスマホアプリでの打刻が可能になり、勤怠データの不正や記録ミスを防げるのも勤怠管理システムの大きなメリットです。
タイムカードやExcelを用いた手作業の勤怠記録では、不正打刻や記録漏れのリスクが避けられません。
打刻漏れのアラート機能を搭載した勤怠管理システムを導入すれば、勤怠データの改ざん防止につながるだけでなく、自動で正確に労働時間を集計できるので企業と従業員双方の負担を軽減してくれます。

勤務状況がリアルタイムに見える化される

勤怠管理システムを導入すると、リアルタイムで労働時間や残業時間の状況を把握することができます。
フレックスタイム制は従業員ごとに労働時間が異なるため、時間外労働時間や36協定の上限違反が発生しがちです。
しかし勤怠管理システムでリアルタイムに残業時間を可視化すれば、企業は早期に是正措置を取ることができるだけでなく、業務効率化や人員配置の最適化につなげられます。
また、従業員にとっても勤務状況の可視化は、働き方の見直しやモチベーション向上に役立つでしょう。

フレックスタイム制を導入する際の勤怠管理システムの選び方6選

フレックスタイム制の導入に伴って勤怠管理システムを選ぶ際、押さえておくべきポイントがいくつかあります。
ひと口に勤怠管理システムといっても、搭載されている機能は製品ごとにそれぞれ異なるからです。
システム選定の具体的なポイントについて、詳しく見ていきましょう。

多様な勤務体系に対応しているか

フレックスタイム制だけでなく、変形労働制やシフト制など多様な勤務体系に柔軟に対応できるシステムを選ぶことが大切です。
特にコアタイム・フレキシブルタイムの設定が可能かどうかの確認は欠かせません。
また、テレワークや在宅勤務はもちろん、ダブルワークなど従業員の勤務体系は今後も多様化が予想されます。
事業規模に関係なく、人材確保の面からも、従業員の多様な勤務体系に対応したシステム選びが企業には必要です。

打刻漏れを防ぐ仕組みがあるか

勤怠管理システムの導入においては、打刻時の漏れを防ぐ仕組みの有無をきちんと確認しておきましょう。
フレックスタイム制では従業員ごとに異なる勤務時間となるため、打刻漏れがあると労働時間の清算が適切に行えず、法令違反のリスクが生じる可能性があります。
ICカードや指紋認証、パソコンやスマートフォンを用いての打刻など、出社しなくても従業員の正確な労働時間を記録集計できるのが勤怠管理システムを導入するメリットのひとつです。
打刻漏れを防ぐ仕組みがない場合、労働時間を正しく記録集計できないばかりか、確認を手作業で行わなければならなくなって手間がかかります。
アラートなど打刻漏れを防ぐ機能を備えたシステムを選びましょう。

残業時間を管理しやすいか

計算が複雑になるフレックスタイム制の残業時間も、勤怠管理システムなら簡単に管理できます。
残業超過を予防するアラート機能をはじめ、清算期間単位・月単位・年単位での時間外労働の上限を設定できる機能、36協定の特別条項がある場合はそれを反映できる機能が備わったシステムを選べば、残業時間の管理がスムーズです。
コンプライアンス遵守が求められる昨今、労働基準法に準拠した時間管理が可能な勤怠管理システムの需要は大きくなっています。

システム内で申請・承認が行えるか

勤怠管理の業務効率化において、有給休暇のような勤怠の申請・承認もシステム内で完結できるかどうかは大きなポイントです。
手作業で有給休暇の申請を行っているような場合、そのためだけに出社を余儀なくされるケースが生じるなど、フレックスタイム制による効率化の効果が減少してしまいます。
システム内でさまざまな申請・承認が行える勤怠管理システムを選択すれば、企業と従業員双方にとって書類申請に関する負担を軽減できるでしょう。

他システムと連携できるか

給与計算ソフトなど他システムとのデータ連携ができるかどうかも、勤怠管理システムを選ぶ際に重要なポイントになります。
CSV出力やAPI連携で勤怠データをそのまま給与計算に反映できれば、大幅に業務を効率化することが可能です。
特に労働時間の計算が複雑なフレックスタイム制を導入した場合、自社のシステムと連携できる勤怠管理システムを選ぶことが大切です。

サポート体制が整っているか

勤怠管理システムをスムーズに運用するには、サポート体制の充実が欠かせません。
特にサービスを提供する側がフレックスタイム制に関するノウハウを熟知しているかどうか、きちんと確認しておきましょう。
無料トライアルやデモがあるかどうかや導入サポートやカスタマーサポートの充実度に加え、運用開始後も手厚いサポートを受けられるサービスを選ぶことが、フレックスタイム制を導入した際のトラブル対応に効果的です。

フレックスタイム制の管理をクラウド型勤怠管理システム「楽楽勤怠」で効率化しよう

ここまでフレックスタイム制の基礎知識や管理方法の注意点、勤怠管理システム活用のメリットなどについて解説してきました。
フレックスタイム制は、従来の固定的な労働時間制度では対応しきれない働き方の多様化や生産性向上の必要性から生まれた制度です。今後もコアタイムなしのスーパーフレックスタイム制などの導入が進み、より柔軟な働き方が広がっていくと考えられます。
一方、それに対応する企業の勤怠管理は複雑化の一途で、従来の手作業による方法では対応が難しいケースが多いのも事実です。
株式会社ラクスが提供しているクラウド型勤怠管理システム「楽楽勤怠」はフレックスタイム制にも対応しており、フレックスタイム制導入により複雑化しやすい勤怠管理業務の効率化に役立ちます。
フレックスタイム制の運用に合わせた効率的な勤怠管理方法をお探しの場合は、ぜひお気軽にお問合せください。